肛门脓肿一般不能自行痊愈，如任其发展，最终脓肿将向肛周皮肤或肛管直肠腔内破溃形成肛瘘，如果脓液得到引流，症状可暂时缓解，随后破溃口可愈合，脓液又不断积聚，感染向周围继续扩散，再次出现症状，并可能出现新的脓肿，并形成多个破溃口，如此反复发作，经久不愈。
医生根据症状、体征、肛门指诊、B超、血常规、抽脓等加以确诊。肛门脓肿有两个高发期，一是婴幼儿，一是青年男女，男性发病率高于女性。糖尿病、血液病患者常易患此病。有以肛门脓肿而发现有白血病、糖尿病者。肛门直肠周围组织间隙疏松并相互联通，脓肿一旦形成会向周围漫延，所以肛门脓肿是肛肠科急诊手术的病种，要早期手术切开。如早期使用了抗生素，局部形成了硬结，可到专科再行手术。 

肛门脓肿怎样治疗? 
手术有两种方法，也同样适用于肛门囊肿感染的治疗，肛门囊肿手术唯一需要注意的是，一定要讲肛门囊肿的内膜剥净，以免若干时间以后肛门囊肿复发。 
局部切开排脓术，待形成肛瘘后二期手术，如果脓肿的位置较深的患者，可以考虑采用这种办法。但是，无论如何这种方法还是治疗过程太长，费用高，遭二次痛苦，显得有些落后了。不过，对于一些经验不足的医生来说，也不失为一种稳妥的方法。 
所谓两种方法的优缺点，只是针对经验不足的医生而言，或者出于其他的因素考虑，实际上根本不存在对肛门功能的影响差异问题。或许会有一些同行不满意，言而这的确就是客观事实。